PELAKSANAAN PROPER diawali dengan pemilihan perusahaan peserta, di mana perusahaan yangmenjadi target peserta PROPER adalah perusahaan yang menimbulkan dampak penting terhadap lingkungan, tercatat di pasar bursa, mempunyai produk yang beorientasi ekspor atau digunakan oleh masyarakat luas. Setelah peserta ditetapkan,kemudian dilakukan pengumpulan data swapantau dengan jalan mengevaluasi laporan pelaksanaan pengelolaan lingkungan yang disampaikan perusahaan. Selain data swapantau, juga dilakukan pengumpulan data primer dengan jalan melakukan pengawasan langsung ke lapangan secara rutin yang dilaksanakan oleh Pejabat Pengawas Lingkungan Hidup (PPLH). Informasi yang terkumpul kemudian diolah menjadi rapor sementara, yang berisi evaluasi kinerja perusahaan di bidang pengelolaan air, udara, limbah B3 dibandingkan dengan kriteria penilaian PROPER yang ditetapkan.