Prinsip dasar penilaian PROPER lebih dari ketaatan (Hijau dan Emas) adalah bahwa perusahaan harus memiliki sistem perencanaan, implementasi program  dan evaluasi yang baik. Dari sistem yang sudah berjalan tersebut akan melahirkan angka-angka intensitas pemakaian sumberdaya untuk  efisiensi energi, penurunan emisi, efisiensi air, penurunan beban pencemaran air, dan 3R limbah B3 serta limbah padat Non B3. Untuk meningkatkan kinerja perusahaan maka  PROPER mensyaratkan perusahaan  melakukan benchmarking dengan perusahaan lain baik dalam skala nasional, regional ataupun internasional. Benchmarking bertujuan membandingkan angka intensitas perusahaan dengan perusahaan lain untuk mengetahui posisinya apakah sudah efisien atau belum dibandingkan perusahaan lain yang sejenis.

Untuk kegiatan industri Farmasi dan Jamu acuan benchmarking tingkat Nasional mengunakan acuan yang dikeluarkan Sekretariat PROPER melalui Peraturan Direktur Jenderal Pengendalian Pencemaran dan Kerusakan Lingkungan Nomor P.10/PPKL/SET/KUM.1/19/2019 tentang Benchmarking Sektor Industri Farmasi dan Jamu yang dapat diunduh pada link berikut:

Perdirjen PPKL No. P.10/PPKL/SET/KUM.1/9/2019